В связи с исключительными обстоятельствами, вызванными эпидемией SARS-CoV-2, европейский консорциум получил в июле 2020 г. неоплачиваемое продление Соглашения о гранте ЕС на 6 месяцев, то есть до 30 июня 2021 г.
Проект с российской стороны, несмотря на обращение в Министерство науки и высшего образования, продлен не был, срок его окончания – 30 ноября 2020 г.
В период с января по ноябрь 2020 года необходимо было:
· Продолжить анализ корреляции между вариантами генома туберкулеза и
· соответствующей чувствительностью к лекарствам in vitro в странах Восточной Европы для поддержки создания модели лечебного вмешательства на основе полногеномного секвенирования (WGS).
· Продолжить разработку инструмента поддержки принятия решений для выбора второй линии терапии МЛУ-ТБ, сосредоточенного на восточноевропейских генотипах туберкулеза.
· Завершить сбор образцов биологического материала и данных о пациентах, начинающих антиретровирусную терапию и/или лечение долутегравиром.
· Внедрить высокопроизводительную систему для определения лекарственной устойчивости ВИЧ и оценки известных мутаций устойчивости к препаратам класса ингибиторов переноса цепи в составе российских подтипов ВИЧ-1.
· Завершить сбор образцов биологического материала и данных для когорты из России для анализа генома человека.
· Завершить создание базы данных по ВГС.
· Проанализировать текущие тенденции в молекулярной эпидемиологии ВИЧ в России.
Работы по проекту, выполненные в 2020 году
· Выполнены молекулярно-эпидемиологические исследования в Алтайском крае и Вологодской области (опубликованы две статьи).
· Закончен совместный анализ результатов исследования лекарственной устойчивости ВИЧ в Узбекистане, статья опубликована.
· Проведен мета-анализ эволюционной динамики рекомбинанта ВИЧ-1 CRF03_AB в странах бСССР (статья опубликована).
· Выполнен анализ влияния полиморфной мутации E138A, характерной для суб-субтипа А6, на чувствительность ВИЧ к рилпивирину в условиях реальной клинической практики (статья в печати).
· Разработана программа он-лайн с русскоязычным интерфейсом для ввода клинико-лабораторных данных ВИЧ-инфицированных пациентов; получено свидетельство государственной регистрации.
· Разработан алгоритм интерпретации результатов полногеномного анализа M. tuberculosis, идентифицированы геномные варианты, влияющие на устойчивость к бедаквилину (статья опубликована).
· Разработан лабораторный регламент по применению полногеномного секвенирования для анализа мутаций лекарственной устойчивости в составе генома ВИЧ-1 подтипа А6.
· Собраны коллекции образцов биологического материала от пациентов, инфицированных ВИЧ, гепатитом С и туберкулезом.
· Создана база данных генотипов ВИЧ-1, включающая клинико-лабораторные, демографические и эпидемиологические данные.
· Разработан метод идентификации биомаркеров на основе специфических липидов в пробах мочи для диагностики и прогноза развития туберкулеза.
· Создана база клинических данных для анализа генома человека и результатов исследований гепатита С в восточноевропейской когорте.
· Разработан проект стратегического долгосрочного плана мониторинга лекарственной устойчивости ВИЧ-1 у пациентов перед началом лечения в Восточной Европе.
· Защищена кандидатская диссертация (СГМУ, г. Архангельск).
· В 2020 году опубликовано 7 статей по теме проекта, в печати находятся три статьи.
· Участники проекта выступили с докладами на 10-ти отечественных и международных научных конференциях.
Текущая информация по проекту отражается на совместно с EC разработанном веб-сайте https://www.careresearch.eu/post/научное-сотрудничество-между-ес-и-россией?lang=ru.