Целью первого этапа работ по проекту (2019 год) было формирование устойчивого консорциума специалистов в России и Европе, способного выполнять исследования в указанных направлениях с использованием наиболее современной методологии в течение продолжительного времени при использовании единых этических стандартов, экспериментальных протоколов, форматов сбора данных и инструментов биоинформационного анализа.
достижение стабильных и непрерывных контактов между исполнителями в России и Европе по каждому из направлений проекта,
разработку тактики проведения экспериментальных работ,
согласование методологических решений по каждому виду исследований,
разработку протоколов совместных экспериментальных исследований,
установление единых этических подходов, получение подтверждающих документов,
разработку форматов сбора клинических и лабораторных данных пациентов,
разработку инструментов для сбора клинических и лабораторных данных пациентов,
формирование когорт пациентов по всем видам исследований,
сбор коллекций образцов инфекционного материала по всем видам исследований,
сбор клинических и лабораторных данных пациентов,
проведение предварительных исследований на выборках из собранных коллекций,
подготовку публикаций, в том числе совместных с европейскими коллегами.
Результатом работ по первому этапу должно было стать формирование экспериментальной основы для последующих исследований, включающей коллекции биологического материала и систематизированные данные о пациентах, а также внедрение единого методологического и идеологического подхода к планированию и проведению широкомасштабных совместных исследований в области изучения социально значимых инфекций.
В ходе работы в 2019 году всем исследованиям, проводимым в России, сопоставлены аналогичные протоколы исследований, выполняемых в европейских научных центрах, подписаны совместные протоколы. Этим обеспечивается высокий уровень экспериментальных работ и их соответствие мировому уровню.
Соблюдены все этические требования, все исследования производятся в строгом соответствии с разработанными протоколами, все виды исследований выполняются по стандартным процедурам исследований.
Собраны коллекции образцов биологического материала от ВИЧ-инфицированных пациентов в Москве и Краснодаре (всего около 1800 образцов), мочи от пациентов с легочными и внелегочными формами туберкулеза (около 100 образцов). параллельно созданы базы данных, включающие клинико-лабораторные, демографические и эпидемиологические данные о пациентах.
В разработке находится ПЦР-метод идентификации полиморфизмов гена человека Siglec1 в оценке их связи с внелегочным туберкулезом; получены первые результаты.
Проводится оценка эффективности метода идентификации специфических липидов в пробах мочи в сравнении с анализом ДНК для диагностики и прогноза развития туберкулеза.
Проводится внедрение метода HTS для анализа мутаций лекарственной устойчивости в составе генома ВИЧ-1 подтипа А6, первые этапы анализа проведены.
Научные данные, полученные в 2019 году, позволили оптимизировать интерпретацию данных генотипирования ВИЧ с применением широко используемого в международных исследованиях алгоритма geno2pheno в отношении варианта А6 ВИЧ, наиболее распространенного в России.
Разработан стратегический долгосрочный план по мониторингу лекарственной устойчивости ВИЧ-1 у пациентов перед началом лечения в России; создана национальная рабочая группа.
Принципиально новой является разработка русскоязычного он-лайн инструмента hivgen.org для ввода и сбора клинико-лабораторных данных ВИЧ- инфицированных пациентов, который дает возможность для расширения применения таких инструментов в будущем и использования их результатов для эпидемиологического слежения в любых масштабах.
Текущая информация по проекту отражается на совместно с EC разработанном веб-сайте https://www.careresearch.eu/post/научное-сотрудничество-между-ес-и-россией?lang=ru.