М.С.Захарова родилась в Казани. В 1931 г. окончила Медицинский институт и после трех лет практической деятельности, с 1934 г. занималась научно-исследовательской работой. С 1938 г. Маргарита Степановна заведует отделом в Узбекском НИИ эпидемиологии и микробиологии, а в трудное для страны время, в 1941 г., становится его директором. С 1944 г., по приказу МЗ СССР, она работает в Москве, одновременно – заведующей лабораторией и ученым секретарем Центрального института эпидемиологии и микробиологии (позже – НИИЭМ им.Н.Ф.Гамалеи), с которым связана вся ее дальнейшая жизнь и деятельность. В 1951-1953 гг., не оставляя работы в институте, Маргарита Степановна руководит Управлением НИИ вакцин и сывороток Минздрава СССР. В 1961-1964 гг. М.С.Захарова – заместитель директора по научной работе НИИЭМ им.Н.Ф.Гамалеи АМН СССР; с 1979 г. по 1984 г. – руководит отделом бактериальных инфекций.
Вклад Маргариты Степановны в науку велик и многогранен. Ее кандидатская диссертация (1944 г.) посвящена бактериофагам, докторская (1951 г.) – эндемическому энцефалиту в Белоруссии. Начиная с 50-х годов, интересы М.С.Захаровой обращаются к коклюшу, включая его эпидемиологию, биологию возбудителя, иммунитет и профилактику. Вскоре вакцинопрофилактика коклюша становится главным делом Маргариты Степановны. Под ее руководством и при огромном личном вкладе в конце 50-х годов в СССР внедряется вакцинация против коклюша с помощью убитой вакцины, производство которой М.С.Захарова сумела организовать в НИИЭМ им.Н.Ф.Гамалеи, а затем – в производственных отделах других институтов. Маргарита Степановна является одним из основных создателей широко применяемых противококлюшных препаратов в составе КД-, КДС- и АКДС-вакцин, а также ряда препаратов для диагностики коклюша (питательных сред, антисывороток, диагностикумов). В 60-е годы в лаборатории М.С.Захаровой была впервые выявлена циркуляция в СССР микоплазм пневмонии. В 1973 г. руководимая ею лаборатория коклюша и других бордетеллезов стала Сотрудничающим центром ВОЗ по коклюшу, а сама Маргарита Степановна – членом Консультативного совета ВОЗ по бактериальным инфекциям.
Профессор М.С.Захарова – автор около 300 научных публикаций и нескольких монографий. Ею подготовлено 35 кандидатов и докторов наук.
Плодотворная деятельность М.С.Захаровой по достоинству оценена руководством страны. Ее самоотверженный труд в годы войны отмечен медалями «За доблестный труд в годы Великой Отечественной войны» и «В память 800-летия Москвы», знаком «Отличник здравоохранения» (1943 г.) и Грамотой Верховного Совета УзССР (1943 г.). В 1982 г. за заслуги в развитии медицинской науки и подготовке научных кадров Маргарите Степановне присвоено почетное звание «Заслуженный деятель науки РСФСР».