Научный совет по комплексной проблеме "Микробиология" работает в соответствии с Приказами РАМН и Минздрава России №21/63 от 26.02.03 г. и №94/537 от 31.10.03 г., а также с постановлениями Президиума РАМН №150 от 17.06.09 г. и №233 от 06.10.10 г. Совет создан на основе бывших Научного совета по проблемам микробиологии при Президиуме АМН СССР, работавшего с 1976 г., и Межведомственного научного совета по микробиологии, функционировавшего с 1993 г., а позже - Научного совета РАМН и Минздравсоцразвития России по микробиологии.
В соответствии с приказом директора центра от 16 февраля 2024 г. №28 Научный совет объединяет три проблемные комиссии.
1. Медицинская микробиология и молекулярная биология микроорганизмов. Председатель – профессор Н.А.Зигангирова.
2. Теоретическая и прикладная инфекционная иммунология. Председатель – профессор А.В.Пронин.
3. Эпидемиология. Председатель – академик РАН В.И.Злобин.
После преобразований, связанных с присоединением Института вирусологии им.Д.И.Ивановского, ФГБУ «НИЦЭМ им.Н.Ф.Гамалеи» Минздрава России выполняет также функции базовой организации Научного совета по комплексной проблеме «Вирусология». Председатель совета – академик РАН Д.К.Львов.
До последнего времени в состав этого Научного совета входили проблемные комиссии по вирусным гепатитам, арбовирусам и другим вирусам зоонозов, герпесвирусным инфекциям, молекулярной биологии и генетике вирусов, клещевому и другим вирусным энцефалитам, полиомиелиту и другим энтеровирусным инфекциям, вирусным геморрагическим лихорадкам, кори с паротитом и краснухой, гриппу и гриппоподобным заболеваниям с их профилактикой и лечением. Комиссии возглавляли ведущие в своих областях специалисты – академики РАН С.М.Клименко, Н.В.Каверин, В.А.Лашкевич, В.В.Зверев, О.И.Киселев, профессора И.Ф.Баринский, А.М.Бутенко, В.П.Грачев, Е.А.Ткаченко.