История центра
В 1891 г. в Москве, в помещении аптеки Келлера на Мясницкой был открыт частный Химико-микроскопический и бактериологический кабинет Ф.М.Блюменталя, преобразованный позднее в частный Химико-бактериологический институт доктора Ф.М.Блюментиаля. В задачи Института входило выполнение различных бактериологических, химических и других анализов, приготовление титрованных растворов, реактивов, питательных сред. Кроме специализированных отделений (бактериологического и серодиагностического) существовали подразделения, не связанные непосредственно с диагностикой: сывороточно-вакцинное, химико-технологическое, агрономическое и дизинфекционное. Это был диагностический центр, который по размаху дела оставил далеко позади себя все бактериологические учреждения России того времени.
Большое значение для деятельности этого учреждения имели широкие контакты Ф.М. Блюменталя и его сотрудников с зарубежными учеными - Эрлихом, Моргенротом, Райтом, Уленгутом, Вассерманом.
Весной 1919 г. была проведена национализация Института, который получил название Государственный (позже - Центральный) бактериологический институт. В тот момент он состоял из 5 отделений: сывороточного, антигенного, оспенного, диагностических препаратов и аналитического.
Деятельность нового Института в 1919-1922 гг. сводилась к изготовлению остро необходимых сывороток и вакцин, выполнению большого количества диагностических анализов и проведению исследований, связанных с запросами повседневной практической работы. Научно-исследовательская работа в Государственном бактериологическом институте была теснейшим образом связана с производством.
В 1922 г. Институт приступил к изданию журнала "Гигиена и эпидемиология", освещавшего вопросы инфекционной патологии.
В 1931 г. к Центральному бактериологическому институту были присоединены Микробиологический институт, а также эпидемиологическое и дезинфекционное отделения Санитарно-гигиенического института. Так был создан Центральный институт эпидемиологии и микробиологии (ЦИЭМ) с широким кругом задач: разработка проблем общей и частной эпидемиологии, решение теоретических и практических вопросов микробиологии, иммунологии и вирусологии; производство сывороток, вакцин и других бактериальных препаратов для диагностики, профилактики и лечения инфекционных болезней; помощь в противоэпидемической работе и подготовке санитарно-эпидемиологического законодательства; осуществление методического руководства периферийными учреждениями и, наконец, подготовка кадров научных работников в области микробиологии и эпидемиологии.
Начало Великой Отечественной войны привело к резкому усилению оборонной направленности в работе ЦИЭМ. С целью рассредоточить его кадры и оборудование были организованы два филиала Института - в Алма-Ате и Свердловске; большая группа ведущих научных работников была направлена в Казанский ИЭМ. Несмотря на трудности военного времени и территориальную разобщенность, Институту удалось сохранить единство коллектива, работавшего под общим руководством, по единым научным и производственным планам.
Невзирая на сложность обстановки, ЦИЭМ уже в начальном периоде войны увеличил выпуск препаратов в полтора раза, а в 1944 г. - в четыре раза в сравнению с 1940 г.
В 1945 г., в связи с организацией Академии медицинских наук встал вопрос о создании в Москве академического научно-исследовательского института, который мог бы на высоком уровне развивать теоретические исследования в области инфекционной патологии и разрабатывать меры борьбы с инфекционными заболеваниями, одновременно являясь руководящим теоретическим и методическим центром страны в этой области.
Такой институт был создан в октябре 1945 г. на базе научных отделов ЦИЭМ, ряда лабораторий Всесоюзного института экспериментальной медицины (ВИЭМ) и клинического отделения больницы им.С.П.Боткина.
В течение 1945-1948 гг. производственный сектор ЦИЭМ продолжал существовать самостоятельно как крупнейшее в стране научно-производственное учреждение, а в 1949 г. и он был присоединен к академическому институту. Это было продиктовано необходимостью объединить в одних стенах и под руководством АМН СССР научные силы Москвы, направленные на разработку важнейших теоретических и практических проблем инфекционной патологии. Так был образован Институт эпидемиологии и микробиологии АМН СССР (НИИЭМ АМН СССР).
В 1949 г. Институту было присвоено имя почетного академика Н.Ф.Гамалеи - всемирно известного русского исследователя, ученика Пастера и выдающегося представителя блестящей пастеровской эпохи. В последние годы жизни (1936-1949 гг.) Николай Федорович был руководителем лаборатории ИЭМ АМН СССР.
В 1966 г. за успешное выполнение фундаментальных и прикладных исследований и в связи с 75-летием со дня основания НИИЭМ им.Н.Ф.Гамалеи АМН СССР был награжден орденом Трудового Красного Знамени.
Длительное время Институт являлся важнейшим центром по производству профилактических, диагностических и лечебных препаратов. К началу 60-х годов здесь было разработано более 70% выпускаемых в стране бактерийных препаратов. В дальнейшем, по мере развития производственной деятельности других институтов страны, стало возможным постепенно освобождать НИИЭМ им.Н.Ф.Гамалеи АМН СССР от производства ряда препаратов и переключить его на разработку крупных теоретических проблем. К 1966 г. Институт оставил за собой, в основном, экспериментальную разработку и производство новых препаратов.
Первым директором НИИЭМ им.Н.Ф.Гамалеи АМН СССР был академик В.Д.Тимаков (1945-1953 гг.). Затем его возглавляли: академик АМН СССР Г.В.Выгодчиков (1954-1955 гг.), академик ВАСХНИЛ С.Н.Муромцев (1956-1961 гг.), академик АМН СССР П.А.Вершилова (1961-1964 гг.), академик АМН СССР О.В.Бароян (1961 и 1964-1979 гг.), член-корреспондент АМН СССР Д.Р.Каулен (1979-1982 гг.), академик АМН СССР (РАМН) С.В.Прозоровский (1982-1997 гг.).
С 1997 г. директором Института, преобразованного в 2014 г. в Федеральный научно-исследовательский центр, является академик РАН А.Л.Гинцбург.